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Die Ethnologie an der Universität Zürich beginnt 1886 mit der Habilitation des Mediziners und Mittelamerikaforschers Dr. Otto Stoll für das Gebiet Ethnographie und Anthropologie. Er war Gründungsmitglied der Ethnographischen Gesellschaft Zürich und wurde erster Direktor der "Sammlung für Völkerkunde". 1891 wurde er auf den neuen Lehrstuhl für Geographie berufen.
Mit der Gründung des Ethnologischen Seminars und des Völkerkundemuseums im Jahr 1971 wurde die Ethnologie ein selbständiges Fach. Prof. Dr. Lorenz Löffler wurde auf den neuen Lehrstuhl für Ethnologie berufen. Der erste Direktor und Lehrstuhlinhaber des Völkerkundemuseums war Prof. Dr. Karl Henking.
Das Ethnologische Seminar hat sich unter Prof. Dr. Lorenz Löffler (1971-1995) stark entwickelt. Thematische Gebiete, die er förderte, waren Wirtschaftsethnologie und Ökologie, politische Ethnologie und Rechtsethnologie, Verwandtschaftsethnologie, Ethnologie der Geschlechterbeziehungen, Ethnopsychoanalyse, soziale Bewegungen und Ethnizität sowie Entwicklungsethnologie.
Am 01.01.2014 haben sich das Institut für Populäre Kulturen, das Ethnologische Seminar und das Völkerkundemuseum zum Institut für Sozialanthropologie und Empirische Kulturwissenschaft (ISEK) zusammengeschlossen.
Ab August 2014 verfügt das ISEK - Ethnologie über vier Lehrstühle. Prof. Dr. Peter Finke, Prof. Dr. Mareile Flitsch, Prof. Dr. Annuska Derks und Prof. Dr. Johannes Quack entwickeln das ISEK mit aktuellen Forschungs- und Lehrangeboten weiter. Regional wurde der Asienschwerpunkt ausgebaut, aber auch zu anderen Regionen, inklusive Europa, wird derzeit gelehrt und geforscht.
Der im 2013 gedrehte Film über das Ethnologische Seminar der Universität Zürich (heute Institut für Sozialanthropologie und Empirische Kulturwissenschaft (ISEK) - Ethnologie) wurde im November 2013 an der Jahresversammlung der American Anthropological Association (AAA) in Chicago gezeigt.
Mit der Gründung des Ethnologischen Seminars und des Völkerkundemuseums im Jahr 1971 wurde die Ethnologie an der Universität Zürich ein selbständiges Fach. Die Universität berief Lorenz Löffler auf den neuen Lehrstuhl für Ethnologie. Die Ethnologie Zürich wurde von 1971 bis 1995 entscheidend geprägt durch Lorenz Löffler. Die folgenden Videointerviews zeigen Gespräche mit Persönlichkeiten aus der „Gründerzeit“ des Ethnologischen Seminars.