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Das Direktorium leitet und vertritt das Institut und dessen Interessen gegenüber der Universität und der Öffentlichkeit. Es setzt sich aus den beiden Abteilungsleitungen der Ethnologie und der Populäre Kulturen zusammen. Das Völkerkundemuseum verfügt über eine eigene Direktion, welche dem ISEK-Direktorium in museumsbezogenen Entscheidungen gleichgestellt ist. Die beiden Co-Direktoren sind gleichzeitig auch die jeweiligen Studienprogrammdirektoren. Das Direktorium wird auf Antrag der Institutsversammlung durch die Universitätsleitung für eine Dauer von vier Jahren eingesetzt, eine Wiederwahl ist möglich.
Jede Abteilung des ISEK verfügt über eine Geschäftsführung, die das Co-Direktorium unterstützt und die Koordination auf Abteilungsebene und abteilungsübergreifend übernimmt.